创新基金项目评审采取专家与企业“背靠背”的评审方式，竞争择优的评审制度。专家由技术专家、行业管理专家、投资专家、财务专家、企业家等构成。创新基金管理中心专门建立了专家库，严格遵循德、才兼备的专家选取原则，并对入库专家实行动态管理和严格的业绩考评制度。创新基金管理中心组织的立项审查过程规范，设有互相监督机制。

创新基金项目评审内容既包括对项目技术水平的审查，也包括对企业综合能力的审查。评审专家按照企业发展能力、项目技术创新性、项目产品市场、商业模式、企业财务状况和项目经济评价等六个方面的评价指标，审阅企业的申报材料；重点项目还将审查项目产品的影响力。

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