创新基金的管理采取政府部门决策和监督、专家咨询和指导、基金管理机构组织和实施的“三位一体”的管理模式，即科技部、财政部作为政府机构负责制定创新基金运作规则，决定创新基金的总体工作目标和《指南》，并对运作情况实施监督和指导，同时具有对创新基金项目的最终立项审批权；专家咨询委员会作为创新基金咨询机构，负责审议确定创新基金年度支持重点领域，并对创新基金的管理提供指导和咨询意见；创新基金管理中心作为创新基金的办事机构，负责创新基金的日常管理与创新基金项目的组织实施工作，从而实现了政府决策与专家咨询紧密结合、决策监督与管理实施相对分离，各尽其责、互相制约、互相监督的管理特点和运行机制。

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