创新基金的宗旨首先是支持技术创新。创新基金支持的项目应拥有自主知识产权，并要求在技术、工艺、或是产品性能上有较大的创新，或有实质性的改进，技术水平至少达到国内或国际领先水平。

其次是鼓励技术创业，培养技术创业企业家。创新基金重点支持初创期的科技型中小企业，优先支持由高素质的科技人员和留学归国人员创办、领办的企业，使其能够在创新基金的帮助下，利用其所掌握或拥有的、具有自主知识产权的先进技术和高水平的技术成果进行创业。通过创新基金的支持，提高初创企业抵御成长早期风险的能力，帮助企业越过“死亡谷”。

第三是引导社会资金，加速科技成果转化。创新基金的建立，一方面通过直接助资缓解科技型中小企业创新资金的不足，另一方面是通过引导和示范，吸引和带动各级政府、金融机构加强对科技型中小企业创新活动的关注和支持，带动符合市场经济规律、服务于科技型中小企业技术创新的投融资体系的建立，缓解科技型中小企业融资困难的状况。

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